Fyodor III sinh ra ở Moscow, con trai đầu lòng của Sa hoàng Aleksei của Nga và hoàng hậu Maria Miloslavskaya. Trước khi lên ngôi, ông được hưởng một nền giáo dục tốt từ thầy Simeon Polotsky. Ông học và biết rành tiếng Ba Lan và chữ Latinh, nhưng bị một căn bệnh bí hiểm và bị di tật ngay từ khi sinh ra. Năm 1680 ông cưới Agaphia Simeonovna Grushevskaya, có con trai là Ilya Fyodorovich nhưng người con này về sau thì mất sớm. Mặc dù vậy, Fyodor III có nhiều cố gắng để cải cách đất nước như: ông cho cải cách lại quân đội, giảm nhẹ hình phạt và thành lập học viện khoa học tại tu viện Zaikonospassky, nơi chỉ dạy các thứ tiếng Slavonic, Hy Lạp, Latin và Ba Lan[1]. Đến những ngày cuối trước khi từ trần, Fyodor III cho kiện toàn lại hệ thống chính quyền dân sự Nga (cải cách mestnichestvo, hoặc "đặt ưu tiên"), phá vỡ hệ thống dân sự quân sự - quân sự của Muscovy qua nhiều thế hệ.